有一种讲法，说施耐庵是罗贯中的老师，师徒二人经常讨论小说创作。老师先写了《水浒传》，然后，又对罗贯中创作《三国演义》提出很多指导性意见。因而，这两部小说在人物描写、情节处理上很有些相似之处。比如，林冲与张飞都是豹头环眼，都使用丈八蛇矛。朱仝绰号“美髯公”，也是关云长的形象特征。诸多战争场面，两军对垒，两部名著也采用了相似的描写手法。题主所提问题中所涉及到的人物，也是有很多相仿之处，吴用的身上有诸多诸葛亮的影子。或者说，在小说中，诸葛亮就是吴用的升级版和加强版。那么，这两个以智谋取胜的人物，到底谁的谋略更高一些呢？
诸葛亮、吴用都是见诸历史记载的人物，只不过诸葛亮是大历史人物，吴用则多见于野史笔记，是一个江湖中的小人物。但是，诸葛亮、吴用在小说中都是被演义了的文学艺术形象。诸葛亮的多智与吴用的多谋，在很大程度上都被小说家夸大了，尤其是吴用，几乎全是虚构。因而，绿野老道便按照《水浒传》与《三国演义》的文学艺术形象来比较吴用和诸葛亮的谋略。
诸葛亮算无遗策，每个计谋都从战略高度设计，大局观明显高于吴用。陈澹然在《寤言二·迁都建藩议》中说：“不谋全局者，不足谋一域”。诸葛亮是大智慧、大智谋，未出茅庐而知三分天下，对东汉末年的局势作出了准确的判断。然后，效仿姜子牙高卧隆中，以待天时。当刘备三顾茅庐见到诸葛孔明之时，诸葛亮献出《隆中对》，为刘备量身打造了问鼎中原、光复汉室的王霸战略。
很多观点认为，诸葛亮这一战略从一开始就是失误的。绿野老道并不敢苟同此说。东汉末年军阀混战中崛起的刘备集团是三国中最弱的，要地盘无地盘，四处漂泊，无处安身。“兵不满三千，将只关张赵云”，别说兵强马壮挟天子以令诸侯的曹操，就是东吴的实力也远远高于刘备。当时，刘备依附汉室宗亲刘表，在蔡氏集团的挤压下，差点又将沦落为丧家之犬。幸亏此时诸葛亮出山，帮助刘备稳稳盘踞在新野养精蓄锐，以待时变。面对曹操的攻势，又安全的转进夏口，很快便接替了刘琦的万余兵将。
刘备在夏口抓住赤壁之战的机遇，迅速占领荆州，达成了三分天下的第一步。然后，率兵进川，掠取巴蜀、汉中等地，实现了诸葛亮占据荆州，取益州以为家的战略谋划。下一步就是“天下有变，则命一上将将荆州之军以向宛、洛，将军身率益州之众出于秦川。”这样钳形的攻势，多为后来大战略家所采用。最为著名的就是忽必烈对南宋的钳形大包围，最终灭掉了南宋。
当然，诸葛亮的这一战略设计最终未能实现，原因就是荆州失守，蜀汉面临西北的曹魏和东南的孙吴夹击，自保尚且有虞，逐鹿中原便成泡影。要说诸葛亮的失误，并非《隆中对》的战略失误，而是刘备集团实在没有合适的大将固守荆州，完成将荆州之兵以向宛、洛的战略计划。
不多举例，诸葛亮仅这一宏大的夺取天下的谋略是吴用所不能及其万一的。吴学究从智取生辰纲开始，到最终随宋江投降朝廷，并不是主观的谋略设计，而是被动的接受时局的变化。吴用无谋划全局的能力，自然不能谋划梁山之一域。
诸葛亮受命于时，肩负时代使命，在历史的大背景下建立功业。诸葛亮起于乱世，在三国历史画卷中纵横捭阖，辅佐刘备建立王霸之业，成为历史夜空中一颗璀璨的明星。东汉末年天下大乱，乱世呼唤英雄。诸葛亮在这样的时代背景下，“羽扇纶巾赴征尘”，从一介书生成长为蜀汉丞相。然后，鞠躬尽瘁死而后已，建立了不朽的历史功业。
诸葛大名垂宇宙，宗臣遗像肃清高。
三分割据纡筹策，万古云霄一羽毛。
伯仲之间见伊吕，指挥若定失萧曹。
运移汉祚终难复，志决身歼军务劳。
杜甫的这首七律，便是对诸葛亮的最好评价。诸葛亮智谋堪比萧何、曹参，而其治国安邦的能力与伊尹、姜子牙也在伯仲之间。因而，诸葛亮的大智慧使他成为中国民间智慧的化身。杜甫的时代没有《三国演义》，在诗人的笔下，诸葛亮远比罗贯中的要真实可信。
吴用则委身草寇，所用之谋无非是袭扰州府、荡平土著武装，做些打家劫舍的勾当。诸葛亮是大智慧，吴学究则小计谋。水泊梁山的事业远远无法企及蜀汉霸业，吴用武不能安邦，文不能治国。这是时代和人生际遇造成的历史人物的局限性。真实的吴用只出现在《大宋宣和遗事》的野史笔记中，除了九天玄女天书上有“吴学究”的名字外，就是参与了晁盖打劫生辰纲的行动。《水浒传》的吴用也不过是出身于乡间学馆的学究，无法跻身于庙堂而施展其智谋天赋。续书《征四寇》所表现得吴用，虽然也为安邦保境贡献了自己的智慧，但与诸葛亮相比，缺乏历史的真实性和厚重感。更没有治国安邦的机遇或者能力。《征四寇》中说，安道全、萧让、金大坚等人因为个人特殊才能而被皇帝征用，假如吴用果有诸葛的智谋与能力，或许也有机会就此进入更高层机构，在大宋风雨飘摇的乱世建立功业。
诸葛用计多正能量，吴用设谋多阴谋诡计。《三国演义》以汉室为正统，代表汉室的势力是刘备集团，因而，诸葛亮就是书中的正面人物。无论他设计弄谁，都会让读者感到很爽。如果计谋不成，读者会为之扼腕甚至“看三国流泪”。五丈原诸葛亮大星陨落，读者无不叹息，为一代智慧的化身的归去而洒泪。而当死诸葛吓退活仲达，遗书斩魏延，读者则又得到无比的宽慰。至于气死周公瑾，草船骗阿瞒，空城退司马，说白了都是阴谋。但因为这些人在书中都是诸葛亮的对立面，被诸葛算计，绝大多数人都会因此而抚掌称快。
吴用用计也是非常厉害的，但吴用所算计的人无论敌我，想弄谁便弄谁，很多时候出于个人进退出处。试举两例。
智取生辰纲曾一度作为反贪官的高级智谋被渲染，但读者的眼睛是雪亮的，吴用在这一“智取”行动中错漏百出，竟然让一个赌徒轻而易举的破了案。是吴用“无用”吗？绝对不是。从后来吴用帮助宋江东征西讨计无不成的表现来看，智取生辰纲的种种失算，应当是吴用的故意。吴用深知晁盖只愿意安于现状，得了一笔财富还继续当他的保正。而这种弥天大案说不定哪天就东窗事发了，临时退身保全肯定不行。于是，吴用在说服三阮加盟行动时，仔细考察了水泊梁山的情况，早早的谋划了退路。而吴用又担心晁盖不愿走，所以，在作案时留下种种破绽，让官府破案，走了一着险棋。果然，宋江冒死报信，晁盖还在庄上赖了好几个时辰，直到朱仝雷横杀进来才跑路。
吴用这是在为自己设计退路，如果把计划做得周密些，区区一个赌徒岂能说破这起弥天大案？前一年，生辰纲同样被劫，但官府却无法破案，难道当时还有比吴用更为高明的智谋之士？施耐庵没有说，看官们可以自己理解。
另一个大漏勺则是为救宋江造假信的事情。吴用不仅在父亲给儿子的家信中用了图章，而且用了蔡京早就不用的官衔低得多的图章。这种“天下读书人尽知”的错误，竟然出在水浒第一谋士身上，实在是说不通。吴用这是故意的，意在逼晁盖亲自率领人马闹江州，让梁山彻底走上与官府作对的道路。只有把事情闹大，才有与朝廷谈条件而招安的本钱。后来事实也证明，朝廷屡次派兵攻打梁山，经历失败之后才意识到梁山做大了，于是，开始招安。晁盖在梁山不思进取，吴用深感不安，王伦的下场恐怕就是晁盖的下场，总有一天梁山泊要变成弟兄们的葬身之所。
吴用以此逼迫晁盖血染浔阳江口，迎接新主宋江上山。梁山泊分来踏去的人物中，只有吴学究是最坚定的造反者，也是最坚定的招安者。
然而，吴用的这两次私底下的用计，被绝大多数看官误以为吴用真的“无用”。因为，这是阴谋，吴用算计的是心腹兄弟，说到底也是在为自己的前途用了阴谋诡计，充满了负能量，也为吴用的智谋得分大打折扣。
战场上的表现吴用丝毫不差，有的计谋连诸葛亮也要点赞。最著名的是三打祝家庄、二次攻打曾头市，以及轻而易举攻破东平府和东昌府两座城池。这些战役都体现出吴用的智谋，在局部战斗中，《水浒传》的用计也很精彩。
比如，攻打曾头市，晁盖没有带吴用，结果处处被动挨打，落得个兵败身亡的结果。宋江再打曾头市，吴用从头谋划，简直算无遗策。从战前情报，到战场指挥，只把曾头市人马荡个一干二净。最精彩的是活捉史文恭，吴用算定史文恭必然可以从战场上脱身，便故意留了一条口子，引诱他往卢俊义把守的路口上跑。果然，卢俊义轻而易举的将史文恭擒获。
即便是诸葛亮用计，大概也是如此吧。所以，施耐庵在吴用出场时写了一首《临江仙》以赞之：
万卷经书曾读过，平生机巧心灵，六韬三略究来精。胸中藏战将，腹内隐雄兵。
谋略敢欺诸葛亮，陈平岂敌才能。略施小计鬼神惊。字称吴学究，人号智多星。
看来，施耐庵笔下的吴用还真不应该被谐音为“无用”呢。至于施耐庵的曲笔深意，把强盗写成好汉，把“无用”写成吴用，那是“隐水浒”的讨论范围，也大致类似风月宝鉴之类的读法，这是另外一回事。
总之，诸葛亮是庙堂之谋，吴用是草寇之智，天上地下，不在一个层级之上。