我可以试着回答一下，但很难准确下定义。因为战争本就是充满偶然和必然的因素，很难纯以战斗力来判断成败。好在题主限定了是万历时期，而正好在万历朝和这两支军队都打过仗，那么以明军为标杆，可以粗暴的推算出一些结果，虽然这结果未必能够完全说明战斗力的差距。
先说明军对丰臣秀吉远征军，在朝鲜打了两次。第一次明军 4 万对日军 16 万，战争用时一年多，战果是把日军揍出平壤，但明军因为部队数量问题没法继续追击。战略上是个平局，战术上当然是胜局。第二次明军增兵至 8 万对日军 14 万，战争用时接近两年，战果是把丰臣秀吉窝囊死了，日本撤军，朝鲜全境光复。两次战争双方伤亡的对比是 3 万比约 14 万，明军完胜。额，说句题外话，按照某熊猫的说法，我基本不拿棒子的部队当人，因为战斗力实在令人发指。
再说明军对女真军的战绩，萨尔浒之战不用说了，明军 11 万对女真 6 万，明军采用 4 路出发，分进合击的打法，主力军全军覆没，丧师 5 万，惨败。之后一路连败，辽阳、沈阳等重镇相继失守，戚家军在浑河畔浴血苦战到全军覆没。女真直到宁远城下才受挫。这里有万历后期军队战斗力下降的因素，但也证明女真战斗力确实很强。
其实和两边都打过交道的明军将领李如梅曾经直接对比过双方的战斗力，原文是“此贼七千，足当倭奴十万”。虽然有夸张的成分，但应该能说明些情况，毕竟他和双方都交手过。所以我认为丰臣秀吉那支聚日本举国之雄兵在女真人面前就是个笑话。
但日军也非一无是处，女真固然骁勇，但如果和日本全面开战的话是有致命缺陷的。水军不行，说不行有点客气了，他们压根就没有水军。这也是为什么女真横扫辽东却拿皮岛上那个毛文龙没辙的原因。如果打水战的话，估计女真是打不过日本的，那时日本的水军确实还不错，当海盗都当出大名来了。还好，那个时代的战争是以侵占土地和掠夺物资为主的，所以基本还是得在陆地上打。