1988 年 7 月，拉里·布朗成为 NBA 圣安东尼奥马刺队主帅，他邀请波波维奇担任他的助教。就这样，波波维奇的 NBA 生涯拉开了序幕。
1994 年，马刺队新老板皮特·霍尔特邀请波波维奇重返马刺，担任球队总经理。波波维奇带了一支自己组建的助教团队回到圣安东尼奥，这波人的核心包括 R.C. 布福德、汉克·伊根以及迈克·布登霍尔泽，他们就此构成了“马刺系”的最初班底。
1994-95 赛季，马刺队打出了 62 胜 20 负的战绩，排名 NBA 第一，并创造了球队历史上的最佳战绩。1995-96 赛季，马刺队以 59 胜 23 负的成绩连续第二年拿下了中西部分区第一。
1996-97 赛季，大卫·罗宾逊因为背伤缺席了赛季开始的六周比赛，马刺 3 胜 15 负。1996 年 12 月 10 日，波波维奇以总经理的身份解雇鲍勃·希尔，亲自兼任主教练。马刺队中伤兵满营，上一赛季球队得分前 6 的球员中有 4 名因伤错过大半比赛，波波维奇带队在接下来的 64 场比赛中取得 17 胜 47 负的战绩。赛季结束后，波波维奇的人生发生了转折：马刺在选秀大会上抽中状元签，选来了蒂姆·邓肯，NBA 史上最好的大前锋。
1998-99 赛季，波波维奇迎来了自己事业的第一个高峰，这一赛季的 NBA 遭遇了停摆事件，常规赛缩水。马刺仅取得 6 胜 8 负的开局，波波维奇因此一度遭遇下课危机，但球队领袖邓肯和罗宾逊都对波波维奇表示了坚定的支持，并在客场大胜哈基姆·奥拉朱旺、查尔斯·巴克利和斯科特·皮蓬领军的火箭队，随后以 31 胜 5 负的战绩收尾。季后赛第一轮以 3 比 1 击败森林狼，西部半决赛 4 比 0 横扫湖人，西部决赛 4 比 0 横扫开拓者。总决赛中，马刺队以 4 比 1 击败了上演黑八奇迹的尼克斯，波波维奇迎来了主帅生涯中的首座 NBA 总冠军奖杯。随后开启了马刺长达 20 年的巅峰。
战术分析从做助理教练开始，波波维奇就愿意借鉴欧洲教练的执教理念。1988 年开始，波波维奇就经常往返欧洲，学习欧洲教练关于移动进攻和联防的战术。这也是马刺对中国际球员很多的原因。他视希腊教练扎里米·奥布拉多维奇为偶像，波波维奇说：“他的比赛可用‘漂亮’形容，球动人动，许多篮球的基本战术都被注入了新的观点，比如直传球、制造空位投篮机会、无球掩护、第一时间转移球等，它们都焕然一新了。这些东西带给人们篮球的真正意义，这要比一个人运球杀过全场然后一对一要有意义得多。”
二十年来，马刺的框架不断改变。由于师从拉里·布朗，再加上是空军学院出身，波波维奇早期的执教风格更侧重于防守，内线蒂姆·邓肯外线布鲁斯·鲍文的配置也让马刺成为联盟最顶级的防守球队，但在失去了鲍文这样的防守专家后，球队又立刻转型为超强火力的进攻球队，培养出了一大批擅长空切、投射的角色球员。
从上面来说，波波维奇绝对有自身的过人之处，马刺的几任老板对他都非常信任。执教履历你很难说是波波维奇成就了马刺，还是邓肯成就了波波维奇。或者说两者互相成就对方。
笔者认为波波维奇是 NBA 历史上最伟大的主教练之一，也是 NBA 的传奇教练，马刺王朝的建立和球队文化都离不开波波维奇，也是马刺的图腾之一，而且善于用人，也许波波维奇不是最伟大的战术大师，但是波波维奇在场上的运筹帷幄，他知道下一步球队该怎么走，他知道该怎样带领球队走的更远，而且波波维奇的弟子众多，很多弟子都已经在 NBA 取得了成功。
目前的波波维奇已经成为了美国男篮的主教练，在带领球队方面也取得了很多的成就，比如北美四大联盟执教同一支球队时间最长的主教练，5 次总冠军、3 次年度最佳教练、4 次西部全明星主帅、而且在马刺已经收获了 1100+ 胜场、不仅带领马刺队每年都进入季后赛，而且让马刺一直保持在强队行列，没有几个人可以做到，传奇还在继续，波波维奇还会继续创造奇迹，伟大是一方面，另一方面感觉波波维奇很有幽默感，有时候记者提问波波维奇的时候总会被带跑偏，总是被波波维奇带到聊聊人生，而且有时候回答问题的时候也是妙语连珠，很富有幽默感。
波波是一个真性情的人，他也有情绪，也会生气，感觉这样才更接近于真实，他不会盲目跟风，有自己的体系，是一位值得学习的人。