明朝嘉靖年间的倭患原因是多方面的。有日本的因素，也有明朝的因素。但要是说主要原因！还是明朝的闭关锁国的海禁政策造成的！再加之日本处于战国的混乱时代。一些日本浪人游寇和日本一些地区的领主大名放纵。还有明朝江浙闽地方的海盗（汪直在日本建立政权的汉人）冒充倭寇兴风作浪。
为啥会有日本地方领主大名的支持和江浙闽海盗的壮大滋事？
这就要说前面的原因海禁！
嘉靖朝的大明，皇帝修玄，严党官场腐败，老百姓本来就生活疾苦，加之海禁雪上加霜！造成海上贸易通道被阻，正常的海上贸易无法正常开展！造成江浙闽一带以海为生的百姓生意做不了，只能走私，慢慢的发展成了海盗。而倭寇的主要组成就是这些江浙闽成为海盗的汉人。
在说真正的倭寇，主要是因为海禁！贸易做不成哪只能抢了。再加之明朝的朝贡体系。日本的战国时代，大明给与日本的朝贡就那么几个名额。靠近大明的几个日本大名都挣着给大明朝贡。因为朝贡中大明的回礼相当丰厚。日本人朝贡拿着些破铜烂铁换回去的是真金白银。日本的地方大名朝贡时经常超出了大明的规制要求。如：人员数量及多长时间来一次。还有朝贡的名额限制等。就在明朝浙江接待日本人朝贡的的地点。造成日本人来多了还来了好几波。在交流的过程中，其中一波日本人不满意大明的接待安排。就直接出城，朝贡使团变成了倭寇，到处烧杀抢掠。
大明的闭关锁国海禁。造成了沿海地区正常的海上贸易无法正常开展。加之日本国内动荡。造成了倭寇和沿海地区海盗勾结滋事。
随着戚家军的围剿、隆庆开边、万历新政等政策上的改变实施。海上贸易可以正常开展。大量的白银流入，资本主义萌芽诞生。还有日本国内的统一。让倭患就慢慢减小了。
戚家军剿灭倭寇有功。但倭患的减小和消失最主要的原因还是要给沿海居民的民生生活改善。海上贸易的持续开展使得隆庆万历年间甚至至明末江南一直是明帝国最繁荣稳定的地方。
就如明末郑芝龙，郑氏海盗是从日本沿海到马六甲海域的话事人。最后被大明朝廷招扶（郑芝龙后投降清庭许以闽浙总督诱于北京被杀，儿子郑成功收复台湾就是后话了）。只要不闭关锁国正常开展海上贸易。谈判管理制度能解决的问题。没有人愿意刀头舔血做海盗。