这个是和大形势有关的。
太平军在癸好三年至五年（清咸丰三至五年，公元 1853-1855 年），经历了一个盛极而衰、再由低谷反弹的阶段：从占领武昌到围攻南京只花了一个月时间，平均每天行军 60 里，而从围城到攻破满城，天下第一城南京也只用了 13 天就完全占领，此后太平军控制宁、镇、扬三城，同时扫北、西征，天下震动，以至于咸丰有热河北狩之议。但随后太平军战线拉得过长，加上北方僧格林沁、南方曾国藩相继崛起，扫北失败、西征军在上游接连受挫，从两湖一路退到九江、湖口，而天京附近则扬州失陷，镇江、瓜洲和天京被长期围困，江面水师渐处下风，一时间似乎支持不住。但随着石达开在湖口大败曾国藩，随后韦俊复夺武昌、石达开进军江西，双方进入一个稳定相持阶段，在这期间，江南、江北两大营暮气沉沉，无法直接攻破南京 - 镇江 - 瓜洲防御体系，而清军东线的吉尔杭阿等部被上海小刀会拖了 18 个月，难以增加压力，这些都让太平军熬过最艰难阶段。
丙辰六年（咸丰六年、1856 年）则是一个关键点：上半年，石达开进军江西连破八府五十二县，曾国藩坐困南昌一筹莫展，随即秦日纲部解围镇江，连破江北、江南大营，天京完全解围，太平军达到胜利顶峰，但随即天京事变爆发，杨秀清、韦昌辉先后被杀，石达开出走，太平天国元气大伤，当时有人估计能再撑一两年就不错了。
但此时清和英法的矛盾恰好爆发：1856 年第二次鸦片战争打响，随即英法联军和清廷打打停停折腾了 4 年，令北方清军主力无法南下，南方湘军等清军只能单独作战，且得不到太多外援，外国势力由于和清廷处于交战状态，对太平天国存在一个试探、敷衍、不扩大矛盾的心态，这些都让太平军付出代价后终于熬过最难阶段，虽然上游武昌、九江等和江西丢失，但皖北基地得以保持，陈玉成、李秀成、李世贤、杨辅清等后期干将逐渐成长，折腾大王洪仁玕尚未到来，洪秀全“加恩惠下”，“各又振作数年”。
庚申十年（咸丰十年，1860 年）天京合围，但此时李秀成已策划“围魏救赵”成熟，太平军调动全国各路人马彻底击破江南大营，并顺势攻下苏南大部分城镇，直逼上海，此后清和英法间的战事虽然平息，但咸丰 - 同治间宫廷政局动荡，英、法也有个调整政策的过程，待这一切稳定，太平军又拿下了浙江大部（虽然皖北失利），这些都延长了太平天国的寿命。
等到清朝南方三路大军（曾、李、左）成形，清、洋、雇佣军合作的“三位一体”成熟，已经是 1862 年的事了，从这时至天京陷落，太平天国不过支撑了两年不到而已。
太平天国运动是中国历史上规模最大的农民起义，太平军势力延申至清朝十八省，先后攻克城池数百座，历时十余年，严重动摇了清王朝的统治。
题目中说太平军和清军差距悬殊，这点我并不认同。
清军自入关后其主战部队逐渐发生变化，当年十万骁勇善战的八旗兵在入关后迅速腐化，早已不堪重用，在康熙时期发生的“三藩之乱”八旗兵就表现的不堪一击，多亏了“绿营兵”的崛起才得以顺利平叛。
但是在清朝中后期“绿营兵”的战斗力开始迅速退化，早在乾隆后期“白莲教起义”时绿营兵的表现就非常糟糕，清政府用了将近十年才平定了暴乱，等到了鸦片战争时期绿营兵基本是一触即溃。
反观太平军，虽然是农民军起义但是广西由于自然条件艰苦，民风骠悍, 饶勇好斗，若论战斗力和战斗意志可以说皆在“八旗兵”和“绿营兵”之上，较强的单兵战斗力加上狂热的宗教情绪，太平军的战斗力可想而知。
起义之初清军和太平军的主要差距应该是武器装备
自古以来农民军起义和政府军的最大差距在于兵器，这种差距在冷兵器时代并突出，大不了拿着镰刀、锄头等农具就可以，随着现代武器装备的发展，火枪、大炮成为了制约农民起义的重要因素，太平军在起义之初就面临此问题。
虽然洪秀全比较重视火器的发展，在广西多地建立小作坊秘密生产武器，但是总体质量和清军还是有不小的差距，以至于太平军在永安之战损失颇为惨重，最终由于清军火炮消耗太大又忌惮肉搏，最终太平军成功突围北上。
太平天国运动能够震动清政府统治最主要的原因是制定了正确的战略方针，金田起义之后太平军一路北上连克数城进入湖南境内，不仅武器装备得到了极大的补充而且还有了成建制的水军，等到攻克武昌之时，太平军已经号称 50 万，随后又连克九江、安庆、芜湖，可以说势如破竹，绿营兵被打的毫无还手之力。
定都天京之后太平军两万人的北伐军队就能将满清搅得天翻地覆一度威胁京师，足见太平军战斗力之强悍，和我们传统印象中农民起义军拿着镰刀锄头上阵的情况不同，火器在太平军中得到了很好的应用，清军和太平军交战也多是大炮轰完上洋枪，最后才是肉搏。
所以说太平军和清军在战斗力上并非题目中所说有很大差距，太平天国运动最终失败原因很多，除去军事战略上的失误外，高层内耗，政务荒废等皆是其失败的原因。