体系不同是必然的。但题主所说的外星文明发展处的那个不同的科学体系的本质原理应该是与地球人类完全相同的，毕竟外星文明也与我们同处一个宇宙。当然，如果题主说的外星文明是来源于另一个宇宙，那就另当别论了。
只要在同一个宇宙，科学规律最终应该是一样的
不同星球的文明的认知体系可以不同，但认知体系下的科学原理的本质应该是相同的。假设这些文明都能因为理性的发展而产生并因此朝向发现宇宙基本规律的方向不断发展，那么他们的科学体系的最终形态应该是趋同的，不同的仅仅是表述这些规律的体系，例如文字、表达和表现方式、实践方式等等。
诸如关于运动和时空的认识，人类文明经历了对基于低速经验的牛顿时空观的科学体系阶段，然后发展到了更为完善的相对论时空观，但这可能也并非时空观的终点。那么一个外星文明也可能经历类似的两个阶段，或者已经超越了我们所处的阶段。
不过他们可能会用另外的方式来表达诸如 v =s/t，E=mc^2 等物理原理，但描述的本质应该是与我们的这些原理相同的。
上图：外星生命体可能基于与我们不同的有机分子，因此其形态和发展都可能会与我们大相径庭。但是关于世界真相认识的能力则不会因为生命基质不同而有所改变，也就是说：真相，只有没看到，而没有不一样。不同的文明只是在共同摸索宇宙这只“象”而已。
不同文明之间的科学体系的差异可能更多是深入程度的差异
因为不同的智慧文明诞生于不同的环境下，这就像地球上人类不同的文明古国因为隔离而产生了不同形态的文明和不同的文明内涵，诸如文字、风俗、艺术、哲学等等，因此外星文明也符合这个规律，不过差异可能会远超人类不同子文明之间的差异。
我们不能用我们先入为主的本位认知来设想外星人，对于外形文明的形态应该保持开放的认识，诸如它们不一定有四肢和头部等等。
上图：外星人动物园。
在对文明进行比较时，必须要限定诸多的变量，就像拿古代的文明与现代文明来比较，有时候并不一定能得出一致（好、坏）的结果，诸如现代的某些工艺技巧可能就不及古人。
文明没有绝对的优劣，因此文明的多样性会决定文明在处理科学（关于世界实验真相的学科）时多样的表现形式，也就是其展现体系，诸如理论体系的描述方式、理论体系的思维模式等等；但这些可能非常不同的描述方式和思维模式的背后，只应该反映同样的一个世界的实验真相。
从哲学上讲，对于实验真相的认知没有绝对的终点，因为要看实验涉及到的范围。要注意，科学并不是真相，而是实验了的世界部分的真相，因此我们不能在绝对内涵上比较外形文明与人类文明关于科学的异同。只能在限定领域上比较，诸如关于时空的科学，以及力学、量子理论等等……
但因为不同文明在实验这个方面涉足的范围不同，因此得到的实验认识也是不同的。因此比较的前提要限定被比较的文明在相关领域和范围方面都已经进行充分的实验。例如它们都已经完成了等效性的系列实验等等，那么我们就可以就相对论的某些理论进行比较。但猜测如果符合上述条件，且两个文明都是基于理性认知的话，那么他们的科学理论的本质应该是相同的。
总结
外星文明的科学体系的形式可能与我们不同，但其本质应该与我们的科学是一致的，都应该是对实验真相的认识和方法体系。
我们所拥有的物理规律，外星人能看懂吗，假设语言上的障碍已完全克服？也许外星人所用的直尺，相对于我们的直尺而言，其长度可能是在不断的变化着，外星人所用的时钟，可能与我们的时钟根本就不同步。
显然，讨论外星人或游轮上的人另外规定了一套与地面毫无关联的时空测量标准，无任何意义。讨论从地面带到游轮上的时空测量标准会不会发生变化，发生了怎样的变化，用它们会测量出什么样的物理规律；或者，讨论两个不同的参照系，在什么样的条件下才能具有相同的物理规律，可能更有意义一些。为了能同外星人进行交流，唯一的方法是把我们所在参照系中的时空测量标准带到外星人所在的参照系中，进行实际的测量，并同外星人用他们的时空测量标准所测得的结果进行比较，得到一个同一参照系中两套标准的不同测量结果之间的变换或翻译规律。但这种交流还需要有一个前提，这就是我们必须知道，当把我们所在参照系中的时空测量标准拿到外星人的参照系后，处在另一种运动状态下后，它测量出的结果与在我们所在参照系上的测量结果有什么不同。当然，如果我们已知我们所在系的标准拿到外星人参照系后，处在另一种运动状态下后，发生了怎样的变化，测量的过程发生了怎样的变化，如已知运动的直尺长度会变短，运动的时钟会变慢，同时会变为不同时，我们就会推断出用这个变化了的标准和变化了的测量过程，会测量出什么样的结果，这个测量结果会与用我们所在系的标准的测量结果有什么不同。带过去的标准在另一参照系、或在另一运动状态下的变化，显然是相对于我们所在系而言的，是用我们所在系中的、唯一不动的标准，在我们所在系内部测量出来的。也就是说，为了能同外星人交流，可能要经过两次翻译，首先将我们所在系中的测量结果翻译成我们带过去的标准在外星人参照系中、在另一种运动状态下的测量结果，然后再翻译成外星人参照系中的外星人的标准所测量出的结果。
如果外星人的物理学和我们的物理学都已提升为同一种拓扑化的物理学，则我们就可同外星人直接交流，这需要外星人使用的时空测量标准，及外星人的参照系的运动，相对于我们的标准和参照系，只能有连续和平滑的变化和运动。
摘自《伽利略的脉搏》。